1. можно ли сейчас обрезать вторые (третьи) ветки которые повылазили из почки
Даже нужно. Это называется побеги, ветки у деревьев
Побеги эти в свою очередь называются двойниками (тройниками), они должны удаляться по мере появления, из одной почки должен в итоге расти только один побег. Резать их не надо, нужно просто аккуратно выломать, они очень хрупкие и легко ломаются.
2. что делать с ветками которые полезли почти из корня
Если не нужны - удалить. Если нужны, возможно вы хотите ещё один рукав на кусте сформировать на будущий год, тогда можно оставить.
3. на некоторых ветках видно, что будет 2 грозди - если, я правильно понял одну надо срезать - какую - верхнюю или нижнюю - или пока лучше оставить а потом уже чекрыжить...
Пока не нужно удалять. Попозже, когда отцветет можно лишнее удалить.
А вообще удалять или не удалять это зависит от того какие грозди у сорта, если они небольшие, грамм по 200-300, то ничего удалять не надо. Если сорт столовый, крупногроздный, то одну гроздь на побег оставляете, вторую, ту что поменьше, удаляете.
Лучше это делать после цветения, когда уже будет видно качество опыления гроздей, тогда лучшие оставите, худшие удалите.