На подвое тоже самое бывает. Я на этот факт обратил внимание когда занимался как раз привитыми саженцами.
Когда копаешь годовалую школку, чаще всего проблем ещё не видно, а когда копаешь двухлетнюю то периодически попадаются саженцы со слабо развитой корневой, бывает однобокие, у которых корни только с одной стороны, а вторая сторона древесины вообще мёртвая. Когда внимательнее присмотрелся, сделал срезы, то понял, что это как раз последствия "открытого" нижнего узла, поражение идёт из сердцевины.
Кроме того, точно могу сказать - в школке лучше укореняются те, что с диафрагмой на нижнем узле. Точнее говоря укореняться любые, но черенки с "открытым" нижним узлом подвержены гниению, бывает вообще пятка сгнивает ещё до укоренения.
Попробуйте, понаблюдайте, выход первосортных саженцев с правильно нарезанных черенков всегда выше.