Есть даже правило,чем толще ветвь,тем длинней надо оставлять пенёк на замещение,(на яблонях югославский пенёк помоему называется).
Причины возможны разные:не все сорта хорошо отбивают спящие почки,возможно надо было раньше срезать,да и пять см. маловато,внизу меньше солнца и закладка даже спящих почек думаю меньше.