Серёжа если не ошибаюсь, то пока говорим о саженцах и попутно об их обработке перед отправкой заказчику.
Поэтому могу предположить, (не утверждаю ни в коем случае!), что после выкопки из школки остаётся длина корней, примерно сопоставимая с высотой оставленной однолетней лозы. Поэтому первый мой вывод - после посадки саженца с оставленными двумя ярусами корней несоответствия между верхом и низом быть не должно. Тем более, что саженцу ещё надо приживаться.
А вот если рассматривать дальнейшее
выращивание, тогда да, удаление большей части кроны может привести к жированию куста.