У меня аналогично, мяты уже мало, а мелисса как сорняк практически разрослась. Вред не больше, чем от любого другого сорняка. У нее корневая конечно, плотная, но поверхностная, воду перехватывает, но в глубине не конкурирует. Надо чистить, однако.
То у саженца проблемы были.