поэтому тоже склоняюсь к грибковому заболеванию
Конечно грибковое, я не правильно выразился выше, но не фомопсис.
Плесень это. Если ничего не предпринять пятна разрастутся, потом покроются белым пухом.
Если использовать марганцовку то раствор должен быть крутым, очень тёмным, иначе толку от него пшик. Лучше тогда содой.
Сода лучше и в плане того, что после высыхания на черенках останется небольшой слой соды, который будет предотвращать развитие плесени в будущем.