Однако, не понятно, зачем спрашивал, если сам все по полочкам разложил?
"...Сколько бактерий может оказаться на нижнем срезе черенка омываемого водой..." - срез хранимых черенков всегда срезается, при любом его применении весной, а на холоде как мы выяснили бактерии не развиваются и по тканям не "гуляют".
Насчет слабеньких черенков у многих форумчан есть мнение: а на фиг он нам полудохлый нужен - присоединяюсь к ним.
А если бояться размножения патогенов в воде, то Саша дал вполне шикарный совет - воткнул во влажный песок и все в ажуре (если уж вовсе одолевает повышенная тревожность - песок перед этим прокалить).

Кстати, бяка эта страшна только на первый взгляд, имел неоднократную практику вылечивания отдельных лоз от бак.рака сильными антибиотиками. Это я к вопросу о часто встречающихся рекомендациях бежать и выкорчевывать куст. Вылечивал отдельные лозы и они даже функционировали дальше без удаления (ну или до замены).